根據《進出境中藥材檢疫監督管理辦法》（原質檢總局令第169號發布，經海關總署令第238號、第240號、第243號修改），海關總署對進境中藥材實施用途申報制度。
中藥材進境時，企業應當向主管海關申報預期用途，明確“藥用”或者“食用”。
申報為“藥用”的中藥材應為列入《中華人民共和國藥典》藥材目錄的物品。
申報為“食用”的中藥材應為國家法律、行政法規、規章、文件規定可用于食品的物品。
資質管理海關總署對進境中藥材實施風險管理；對向中國境內輸出中藥材的境外生產、加工、存放單位（簡稱“境外生產企業”）實施注冊登記管理；對進境中藥材生產、經營企業實行誠信管理等。
進境檢疫（一）海關總署對進境中藥材實施檢疫準入制度，包括產品風險分析、監管體系評估與審查、確定檢疫要求、境外生產企業注冊登記以及進境檢疫等。
（二）海關總署對首次向中國輸出中藥材的國家或者地區進行產品風險分析、監管體系評估，對已有貿易的國家和地區進行回顧性審查。
海關總署根據風險分析的結果，確定需要實施境外生產、加工、存放單位注冊登記的中藥材品種目錄，并實施動態調整。
注冊登記評審程序和技術要求由海關總署另行制定、發布。
海關總署對列入目錄的中藥材境外生產企業實施注冊登記，注冊登記有效期為4年。
境外生產企業注冊登記（一）輸出國家或者地區主管部門在境外生產企業申請向中國注冊登記時，需對其進行審查，符合《進出境中藥材檢疫監督管理辦法》第十條、第十一條相關規定后，向海關總署推薦，并提交下列中文或者中英文對照材料：1.所在國家或者地區相關的動植物疫情、獸醫衛生、公共衛生、植物保護、企業注冊管理等方面的法律法規，所在國家或者地區主管部門機構設置和人員情況及法律法規執行等方面的書面資料；2.申請注冊登記的境外生產企業名單；3.所在國家或者地區主管部門對其推薦企業的防疫、衛生控制實際情況的評估結論；4.所在國家或者地區主管部門對其推薦的企業符合中國法律法規要求的聲明；5.企業注冊申請書，廠區、車間、倉庫的平面圖、工藝流程圖、動物或者植物檢疫防控體系文件、防疫消毒處理設施照片、廢棄物和包裝物無害化處理設施照片等。
（二）海關總署收到推薦材料并經書面審查合格后，經與輸出國家或者地區主管部門協商，可以派員到輸出國家或者地區對其監管體系進行評估，對申請注冊登記的境外生產企業進行檢查。
經檢查符合要求的申請企業，予以注冊登記。
（三）已取得注冊登記需延續的境外生產企業，由輸出國家或者地區主管部門在有效期屆滿6個月前，向海關總署提出申請。
海關總署可以派員到輸出國家或者地區對其監管體系進行回顧性審查，并對申請的境外生產企業進行檢查。
對回顧性審查符合要求的國家或者地區，經檢查符合要求的境外生產企業，予以注冊登記，有效期延長4年。
檢疫審批進境中藥材需辦理進境動植物檢疫審批的，貨主或者其代理人應當在簽訂貿易合同前，按照進境動植物檢疫審批管理辦法的規定取得《中華人民共和國進境動植物檢疫許可證》。
進境申報（一）中藥材進境前或者進境時，貨主或者其代理人應當憑下列材料，向進境口岸海關報檢：1.輸出國家或者地區官方出具的符合海關總署要求的檢疫證書；2.原產地證明、貿易合同、提單、裝箱單、發票。
（二）海關對貨主或者其代理人提交的相關單證進行審核，符合要求的，受理報檢。
無輸出國家或者地區政府動植物檢疫機構出具的有效檢疫證書，需要注冊登記未按要求辦理注冊登記的，或者未依法辦理檢疫審批手續的，海關可以根據具體情況，作退回或者銷毀處理。
現場檢疫進境口岸海關應當按照下列規定實施現場檢疫：（一）查詢啟運時間和港口、途經國家或者地區、裝載清單等，核對單證是否真實有效，單證與貨物的名稱、數（重）量、輸出國家或者地區、嘜頭、標記、境外生產企業名稱、注冊登記號等是否相符；（二）包裝是否完好，是否帶有動植物性包裝、鋪墊材料，并符合《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例、進境貨物木質包裝檢疫監督管理辦法的規定；（三）中藥材有無腐敗變質現象，有無攜帶有害生物、動物排泄物或者其他動物組織等，有無攜帶動物尸體、土壤及其他禁止進境物。
檢疫處理（一）現場查驗有下列情形之一的，海關簽發檢疫處理通知書，并作相應檢疫處理：1.屬于法律法規禁止進境的、帶有禁止進境物的、貨證不符的、發現嚴重腐敗變質的作退回或者銷毀處理；2.對包裝破損的，由貨主或者其代理人負責整理完好，方可卸離運輸工具。
海關對受污染的場地、物品、器具進行檢疫處理；3.帶有有害生物、動物排泄物或者其他動物組織等的, 按照有關規定進行檢疫處理；4.對受到病蟲害污染或者疑似受到病蟲害污染的，封存有關貨物，對被污染的貨物、裝卸工具、場地進行消毒處理。
（二）現場檢疫中發現病蟲害、病蟲為害癥狀，或者根據相關工作程序需進行實驗室檢疫的，海關應當對進境中藥材采樣，并送實驗室。
（三）中藥材在取得檢疫合格證明前，應當存放在海關認可的地點，未經海關許可，任何單位和個人不得擅自調離、銷售、加工。
《進境動植物檢疫許可證》列明該產品由目的地海關實施檢疫、加工監管，口岸海關驗證查驗并做外包裝消毒處理后，出具《入境貨物調離通知單》，收貨人或者其代理人在規定時限內向目的地海關申請檢疫。
未經檢疫，不得銷售、加工。
需要進境檢疫審批的進境中藥材應當在檢疫審批許可列明的指定企業中存放和加工。
檢疫證書（一）進境中藥材經檢疫合格，海關出具入境貨物檢驗檢疫證明后，方可銷售、使用或者在指定企業存放、加工。
入境貨物檢驗檢疫證明均應列明貨物的名稱、原產國家或者地區、數/重量、生產批號/生產日期、用途等。
（二）檢疫不合格的，海關簽發檢疫處理通知書，由貨主或者其代理人在海關的監督下，作除害、退回或者銷毀處理，經除害處理合格的準予進境。
需要由海關出證索賠的，海關按照規定簽發相關檢疫證書。
消毒處理裝運進境中藥材的運輸工具和集裝箱應當符合安全衛生要求。
需要實施防疫消毒處理的，應當在進境口岸海關的監督下實施防疫消毒處理。
未經海關許可，不得將進境中藥材卸離運輸工具、集裝箱或者運遞。
監管要求境內貨主或者其代理人應當建立中藥材進境和銷售、加工記錄制度，做好相關記錄并至少保存2年。
同時應當配備中藥材防疫安全管理人員，建立中藥材防疫管理制度。