海關查柜是會產生一些額外費用的，但這些費用不是海關收取的，而是碼頭收取的吊柜費，拆柜費等費用，因為是海關查驗才有此費用，所以碼頭一般把這些費用稱之為海關查驗費，碼頭會開具正規發票的。所以這些查柜費是由SHIPPER來支付的。一般海關查貨前會有查驗通知，查驗完畢后會有查驗報告的。
查驗是海關監管的一個重要手段，報關只是一個程序而已，海關會根據自己的經驗，當時的政策對一些敏感的品名進行抽查，當然有時候也會是沒有任何原因的抽查。查驗的時候會打開箱子看，跟報關的資料是否一致，品名，數量，申報貨值等等信息，是否有騙稅，逃商檢，HS編碼歸類不正確。
海關查驗流程
一、海關確定查驗后，由現場接單關員打印《查驗通知單》，必要時制作查驗關封交報關員。
二、安排查驗計劃。由現場海關查驗受理崗位安排查驗的具體時間，一般當天安排第二天的查驗計劃。
三、海關查驗貨物時，進口貨物的收貨人、出口貨物的發貨人或其授權報關員應當到場，并負責協助搬移貨物，開拆和重封貨物的包裝。
四、海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣。查驗結束后，由陪同人員在《查驗記錄單》上簽名、確認。
海關查驗的目的及地點
一、海關查驗的目的，一是通過核對實際進出口貨物與報關單證來驗證申報環節所申報的內容與查驗的單、貨是否一致，通過實際的查驗發現申報審單環節所不能發現的有無瞞報、偽報和申報不實等走私違規事情或其他進出口問題。二是通過查驗可以驗證申報審單環節提出的疑點，為征稅、統計和后續管理提供可靠的監管依據。
二、海關查驗的地點一般在海關監管區內的進出口口岸碼頭、車站、機場、郵局或海關的其他監管場所進行查驗。對進出口大宗散貨、危險品、鮮活商品、落駁運輸的貨物，經進出口收發貨人的申請，海關也可在作業現場予以查驗放行。在特殊情況下，經進出口收發貨人或其代理人申請，海關審核同意，也可派員到規定的時間和場所以外的工廠、倉庫或施工工地查驗貨物。
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