代謝通量分析（metabolic Flux Analysis，MFA）是一種重要的代謝通量組學研究技術，用于定量研究某個目標系統中各個代謝途徑的分布情況，通過分析生物系統中各代謝物的產生和消耗速率來刻畫生物體的生理狀態，以深層次的了解生物體內遺傳、代謝調控以及環境因素的相互作用。
代謝通量分析通過測定目標體系中的代謝通量的速率和方向來刻畫生物體的代謝情況、評估遺傳或環境對生命活動的影響。其大致思路是假定一段時間內胞內中間代謝產物的濃度不變，通過計量矩陣模型，根據各代謝反應方程式的計量關系以及所測的底物消耗速率或產物生成速率來推導和計算未知的代謝反應速率，進而確定代謝網絡的通量分配圖。代謝通量分析利用各代謝物的產生和生成速率以及中間代謝物質平衡等數據，不需要代謝途徑中酶的動力學特征就可以獲得代謝網絡的特征信息，為代謝調節提供了重要的參數，在微生物代謝系統研究中具有重要意義。
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