愛沙尼亞的稅收體系屬于屬地稅制，主要由國家稅和地方稅兩部分組成。
國家稅主要包括所得稅、社會稅、土地稅、博彩稅、增值稅、關稅、消費稅、 重載汽車稅等，主管部門為稅收和海關委員會。
地方稅主要包括銷售稅、船稅、廣告稅、機動車稅、家用寵物稅、娛樂稅、 停車費等，由市鎮等地方政府管轄。地方政府也可以按照有關法律規定， 將地方稅的管轄權通過合同形式授予稅收和海關委員會管理。
愛沙尼亞不征收贈予稅、繼承稅、房產稅，各類交易根據國家收費標準征收印花稅。
1、 企業所得稅：對企業經營活動中獲得的收入與支出之間未分配的利潤免征所得稅，這部分資金用于 投資再生產。但如果將此利潤對股東或投資者進行分紅，或是以贈與、補 貼、物質資助、轉移支付等方式分配這些利潤，則需繳納20%的所得稅。 外國公司（包括分支機構）在利潤分配或匯出時要交納20%的所得稅。
2、 個人所得稅：愛沙尼亞的個稅起征點為500歐元， 養老金個人繳款比率是報酬的2%。
3、 增值稅：一般商品和服務的增值稅率為20%；圖書、演出票、旅店服務、部分 藥品和醫療用品、殯葬用品和服務，以及危險垃圾處理的增值稅稅率為9%；出口商品的增值稅稅率為零。
4、 社會稅：在愛沙尼亞注冊的公司雇主（包括外國實體的永 久性公司），除法律 規定的特殊免稅措施以外，只要有雇員，就要交納支付給雇員工資總額33% 的社會稅（20%的養老金和13%的醫療保險）。
5、 失業保險稅：2020年失業保險是雇員總工資的1.6%。除此之外，雇主還需按雇員月工資總額的0.8%支付失業保險費。
6、 消費稅：主要針對煙、酒、電力、燃油和包裝物五大類、若干小類商品，分別按國家制定的稅率征收，并不斷調整。
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