保稅區：貨物進口保稅、出口退稅；國產貨物進區不退稅；成品內銷按原材料稅率征稅
保稅物流中心：貨物進口保稅、出口退稅；國產貨物進區退稅；內銷按貨物實際狀態征稅；貨物通關快速便捷。
綜合保稅區：國外貨物入港區保稅；貨物出港區進入國內銷售按貨物進口的有關規定辦理報關，并按貨物實際狀態征稅； 國內貨物入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費。
深圳保稅倉庫因為是特殊的海關監管區域，所以所有存放在保稅倉庫的貨物的報關都必須由區內的報關行進行操作。首先我們把保稅倉庫的報關分兩步走；
1、入庫報關，貨物送至保稅區內，由報關行報出口報關單和進境備案清單，這樣貨物就可以拿到退稅，貨物也就相當于出口到國外了。
2、出庫報關，貨物裝貨至運輸車輛，然后由保稅區區內報關行報進口報關單和處境備案清單。這樣的一整個流程也可以說是齊全的進出口報關了。
1、鹽田港區已建成華南地區大臨港倉儲基地。
2、鹽田目前共有臨港倉庫約40家，倉儲總面積約130萬平方米。其中出口監管倉庫15家，倉儲面積近50萬平方米；保稅倉庫17家，倉儲面積約73萬平方米；普通倉庫7家，倉儲面積約7萬平方米；其中冷庫兩個（?；堇鋷?、瑞源冷庫），面積約4.5萬平方米。鹽田港后方陸域已建成華南地區大的臨港倉儲基地。
3、鹽田監管倉：鹽田馬士基2號倉庫、鹽田馬士基A、B、C、D、E倉庫、鹽田南半島倉庫、鹽田港集團倉庫、鹽田裕泰倉庫、鹽田棋洋倉庫、鹽田怡合倉庫、鹽田文輝倉庫、群輝倉庫、飛馳倉庫(USP)、天鷹倉庫、中信倉庫、太谷倉庫、嘉里倉庫(力又倉、中聯倉、保馬開倉)、長江倉庫(TUR倉)、長江2倉庫、美集倉庫(NVO倉、保利佐川倉、即佐川急便倉)
4、深圳市其他主要出口監管倉：梅林華南國際物流中心倉庫、八達倉庫、筍崗外運倉庫、筍崗梅園倉庫、筍崗清水河湖北倉、金運達倉
保稅倉庫：深圳市鹽田綜合保稅區（南片區|北片區|沙頭角保稅區片區）、深圳市坪山出口加工區、深圳市福田保稅區、深圳市機場保稅物流中心等區內倉庫都屬于保稅倉庫。
5、出口加工區加工的產品出口免稅；中國境內的區外企業貨物出口到區內退稅；生產出口貨物耗用的水、電、氣可退還所含的增值稅；加工出口產品所需進境的原材料全額保稅；生產所需的機器、設備、模具進口免稅；加工區與加工區之間產品、原輔料、機器設備等進出貨物免稅
深圳出口加工區主要功能如下：
1、保稅倉儲：貨物在進入保稅倉庫環節以及存儲期間，不征收進口關稅,不受配額限制。
2、加工結轉：來料加工、進料加工廠通過出口加工區享受退稅后在境內銷售或加工不再受限制。
3、轉口貿易：進口貨物在保稅區存儲可經簡單加工后，即轉手出口到其他目的國和地區。
4、簡單加工：貨物可以在保稅倉庫進行包裝、分揀、貼嘜，換嘜、分拆、拼裝等流通性加工。
5、檢測，維修出口退運的貨物，可直接在加工區進行檢測、維修后，直接出往國外
6、區內集拼國內產品國外產品，可在區內簡單裝配，一起集拼發往國外
7、區內一日游，代替香港一日游出口加工區具有“境內關外”的作用，等同于香港，需要出口復進口的貨物，只需在保稅區內兜一圈，減少了物流費用
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