消毒供應中心為醫院內部各種無菌物品的供應科室，承擔著可重復使用的診療設備、器具和物品集中回收、清洗、消毒、包裝、滅菌和供應的功能。消毒供應中心用水主要集中在去污區和滅菌區，為了防止滅菌區使用的壓力蒸汽滅菌器結垢，原水硬度不大于7dH（Cao 70mg/L），其蒸汽制取水應采用軟水和純水（水質要求：脫鹽率≥99.2%，25℃條件下電導率≤15US/cm）。
由于消毒供應中心相關消毒設備涉及到了蒸汽和高溫水，排水溫度在94℃左右，因此在排水管材料應選擇耐高溫的金屬管道，且不能直接排入室外排水系統中，應先接入室外降溫池后方可經院區污水處理站集中處理達標后，排入市政排水管網。消毒供應中心的無菌品存放區，屬于潔凈用房，醫院院感管控要求，規定此功能區域內不能設置地漏、洗手池且不允許排水管道穿越。