中藥院內制劑的辦理流程通常包括以下步驟：
準備申報材料：制劑部門需要準備備案材料，包括制劑方案、原料來源及質量證明、制劑工藝、質量控制標準等信息。這些信息需要詳細闡述中藥制劑的組方、制備工藝、質量標準、穩定性研究等內容。同時，還需要準備相關的申報材料，如藥品注冊申請表、藥品說明書和包裝標簽樣稿、藥學研究資料、藥理毒理研究資料、臨床試驗資料等。
提出申請：制劑部門向醫療機構質量管理部門提交備案申請，附上備案材料。申請人需要將準備好的申報材料提交至所在地省、自治區、直轄市（食品）藥品監督管理部門或者其委托的設區的市級（食品）藥品監督管理機構。
備案審查/形式審查：醫療機構質量管理部門接收制劑部門的備案申請并進行審查。審查內容包括制劑方案的合理性、原料的來源和質量、制劑工藝的可行性、質量控制標準的合規性等。同時，省、自治區、直轄市（食品）藥品監督管理部門或者其委托的設區的市級（食品）藥品監督管理機構對申報資料進行形式審查，符合要求的予以受理；不符合要求的，應當自收到申請材料之日起5日內書面通知申請人并說明理由，逾期未通知的自收到材料之日起即為受理。
現場檢查（如有需要）：如有需要，醫療機構質量管理部門可派遣相關專家進行現場檢查，以確保中藥制劑的制備過程符合相關要求。
備案批準/技術審評：制劑部門根據醫療機構質量管理部門的意見，對備案申請進行修改和完善。修改完善后，制劑部門再次向醫療機構質量管理部門提交備案申請。醫療機構質量管理部門重新進行審查，如通過，則予以備案批準，并將備案批準書發放給制劑部門，并在備案登記冊上做相應記錄。同時，省、自治區、直轄市（食品）藥品監督管理部門應當在收到全部資料后40日內組織完成技術審評，符合規定的，發給《醫療機構制劑臨床研究批件》。
需要注意的是，中藥院內制劑的辦理流程可能因地區和機構而有所不同。在實際操作中，建議咨詢當地相關部門或機構，以獲取具體的辦理流程和要求。此外，由于中藥制劑的特殊性，還需要遵守相關的中藥管理法規和規定，確保中藥制劑的安全性和有效性。