檢測技術服務:體內磷酸化位點鑒定--檢測技術服務詳情
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體內磷酸化的過程就是在激酶的催化作用下，將三磷酸腺苷（ATP）的磷酸根基團轉移到蛋白的氨基酸側鏈上，ATP隨之變為二磷酸腺苷（ADP）。磷酸化修飾可以發生在多種氨基酸殘基上，主要集中在肽鏈中的酪氨酸、絲氨酸、蘇氨酸殘基上，這些殘基上具有游離的羥基，且本身不帶電荷，當磷酸化作用后，蛋白質便具有了電荷，從而使結構發生變化，進一步引起蛋白質活性的變化。
體內磷酸化位點鑒定主要通過質譜法進行檢測分析，即通過特定的步驟（如抗體富集、金屬富集和凝集素富集等）獲得富集的修飾肽段，然后進行串聯質譜分析。在一次質譜鑒定中可以可靠地鑒定數千種被修飾的多肽。但是對體內磷酸化位點的定位識別仍然較為武斷，對于某些修飾位點的鑒定可能并不可靠。質譜檢測所得出的實際質譜圖在處理過程中需要考慮的因素更為復雜，如質譜中的噪音信號、磷酸化修飾中未修飾片段的中性丟失以及具有相同質荷比的修飾后的氨基酸與非修飾氨基酸的區別等。
此外，在處理磷酸化蛋白質樣品質譜數據時，有必要對修飾位點進行假陽性率（false discovery rate，FDR）的控制。對于肽段磷酸位點鑒定來說，可使用質量可靠性算法評估磷酸化位點可信度，這種算法主要包括基于概率對鑒定質量打分（如建立數據模型）和基于假陽性率（如Target-Decoy算法）進行計算。對于蛋白磷酸化修飾而言，錯誤定位率（false localization rate，FLR）沒有較好的實現方法，通常是通過合成肽段來評估，或者是針對僅包含一個修飾位點的肽段才有較好的效果。目前，可通過位點定位軟件試圖評估某個給定峰匹配到特定位點的概率，如A-Score算法等；或通過計算兩個修飾位點間的搜索引擎給的打分差值進行評估。在選擇這些算法的過程中，要綜合考慮質譜平臺檢測的類型、搜庫算法與軟件的便捷性，從而為后續的分析提供較為可靠的磷酸化位點。
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