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1、合伙企業所得稅的歷史沿革
1997年頒布《合伙企業法》，確認了合伙企業這一法律實體，合伙企業一開始需要繳納企業所得稅，直到2000年《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》（國發[2000]16號文）及《財政部國家稅務總局關于印發<關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>的通知》（財稅〔2000〕91號），自2000年1月1日起，對個人獨資企業和合伙企業停止征收企業所得稅，其投資者的生產經營所得，比照個體工商戶的生產、經營所得征收個人所得稅。
2006年《合伙企業法》進行重大修訂，明確合伙企業分為普通合伙企業和 有限合伙企業兩種形式，同時第六條明確規定：合伙企業的生產經營所得和其他所得，按照國家有關稅收規定，由合伙人分別繳納所得稅。至此在國家法律層面正式確認了合伙企業是所得稅“透明體”，由合伙人分別繳納所得稅。
2、個人合伙人就合伙企業的股權出售所得適用的稅率
根據《財政部國家稅務總局關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知 》（財稅〔2008〕159號）第二條規定： 合伙企業以每一個合伙人為納稅義務人。合伙企業合伙人是自然人的，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。
合伙人企業的股權出售所得，其個人合伙人所適用的稅率按照目前各區域稅收征管的政策和理解不同，出現了兩種不同的適用情形：
（1）：按照“生產經營所得”，適用5%～35%的五級超額累進稅率。
根據《國家稅務總局關于切實加強高收入者個人所得稅征管的通知》（國稅發〔2011〕50號 ）規定：對個人獨資企業和合伙企業從事股權（票）、期貨、基金、債券、外匯、貴重金屬、資源開采權及其他投資品交易取得的所得，應全部納入生產經營所得，依法征收個人所得稅。此外，根據《財政部國家稅務總局關于印發<關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定>的通知》（財稅〔2000〕91號）規定，投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率。
很多地方稅務機關在稅務征管時會依據以上政策規定，判定合伙企業的股權出售所得屬于合伙企業的生產經營所得，依據合伙企業生產經營所得采取"先分后稅"的原則，對于個人投資者，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
（2）： 按照“財產出售所得”，適用20%稅率
隨著股權投資類合伙企業的盛行，全國各地更是刮起了“基金小鎮”的熱潮。有些地方為了鼓勵股權投資類合伙企業入駐，規定對“合伙型股權投資基金中個人投資者取得的收益”，尤其是有限合伙人（LP）一律按“財產出售所得”征收20%的個人所得稅。