合伙人退出合伙企業則有多種方式，包括轉讓份額、退伙以及合伙企業的清算。
合伙人轉讓合伙份額的，該份額一般被視為合伙人的權益性財產，因此轉讓所得應確認為合伙人的財產轉讓所得予以納稅。操作中，如果在轉讓時合伙企業還有留存收益尚未向合伙人實際分配，而被轉讓的份額包含對該部分留存收益的權益時，轉讓人可能面臨同一筆所得的重復征稅——留存收益產生當年合伙人繳納的所得稅和財產轉讓所得繳納的所得稅。轉讓公司股份不存在這個問題，因為沒有分配的留存收益并不會視同股東的收入而交稅。
投資者退伙的稅收雖無全國范圍內的明文規定，但有稅務機關采用借鑒企業所得稅關于企業清算的規則，按照投資人退伙取得的收入超過出資和未分配留存收益的部分，確認為投資資產轉讓所得。不過，如果地方稅務機關不允許從所得中扣除留存收益，就仍有重復征稅的問題。未來有待稅務當局對該問題做進一步解釋。
合伙企業的清算，則以全部資產的公允價值扣除各項清算費用、損失、負債、以前年度留存的利潤后，超過實繳資本的部分作為合伙企業的年度應納稅所得，分配至各合伙人申報納稅。綜上，留存收益僅在清算時被明確允許扣除。