在實際貿易中，會存在很多的情況：1、有很多半成品供應商銷售產品給成品生產商時遇到困難。成品生產商是加貿企業，而供應商是一般企業。成品生產商要求做轉廠，供應商無法轉廠；2、同時加貿企業的兩家工廠，由于歸屬的主管海關不同，手冊備案信息差異等問題，都可能導致無法轉廠；
此時，通過保稅區，可以實現“轉廠”操作，達成貿易交貨。
保稅區轉廠就是通過保稅區入區退稅政策，以先出口再進口的方式解決加工貿易企業深加工結轉手續復雜，深加工增值部分不予退稅問題；通過賣方先把貨物出口到保稅區，買方再從保稅區報關進口的過程，加工貿易企業用手冊報關進口以達到免稅進口的目的。
轉廠都是跟加工貿易企業（外資企業）有關的。因為加工貿易企業屬于海關監管企業，使用手冊報關，原材料需要進口的，生產的產品也需要出口，這樣才能核銷手冊。所以加工貿易企業在國內采購原材料的時候需要原材料供應商把貨物出口到保稅區，然后加工貿易企業再用手冊報關進口以達到免稅進口的目的；或者加工貿易企業生產的產品需要在國內銷售，就必須先通過出口完成手冊出口核銷，然后再由買方申報進口，如果不這樣操作的話加工貿易企業需要補證原材料進口的關稅和其它稅費